在设计多层PCB线路板之前，首先应根据电路板尺寸的大小和电磁兼容性要求来确定相应的电路板结构。确定结构后，还可以确定内层的位置以及信号在每层上的分布。堆叠结构是影响EMC性能的重要因素，也是抑制电磁干扰的重要途径。
确定层数
根据多层PCB线路板信号线的特殊要求（例如差分线和敏感信号线的类型和数量）对信号层进行分层。然后根据电源类型，隔离度和抗干扰性确定内层的数量。
考虑电路板的排列顺序
在这一点上，重要的是要注意特殊信号层的分布，源层和层的分布。信号层应与内层相邻，并且内层和接地层应紧密耦合。电路中的高速信号传输层是夹在两个内部电气层中间的信号中间层。串扰的发生应避免串扰的发生。多个接地内部电气层可有效降低接地阻抗。
这样获得的多层PCB线路板可以根据电路板横截面上的镀通孔实现电连接。该板可为设计者提供超过两层的设计，以将电路板印刷到敷设板上，并提供较大的电源和接地面积。