多层厚铜PCB在制造时需要关注的第三个问题是钻孔。当设计中有许多厚的铜板时，需要将钻削参数调整为更类似于钻出厚铜板的参数。钻头磨损和碎屑清除需要仔细处理。
第四问题在于阻焊层工艺上。很难涂覆足够的阻焊剂来覆盖厚铜图案和高度差严重的基材。通常，多层厚铜PCB制造商需要填充更多的阻焊剂以填充走线之间的空间。进行多次打印是很常见的。第一次印刷可填充大部分图案间隙，第二次印刷可在迹线图案上覆盖足够厚的阻焊层。但是它仍然有作废的风险。厚的阻焊层也更难以暴露和显影。如果曝光能量太弱，则可能会发生底切问题。
电源设计人员关注的一个问题是高电势测试（Hi-Pot Test）。为了获得足够的绝缘性以抵抗高压测试，材料，多层堆叠，内层清洁度，蚀刻和设计都非常重要。有时，钻孔，布线和电镀对于获得良好的电气绝缘也起着重要作用。
当铜的厚度甚至更高，例如10盎司或更高时，多层厚铜PCB制造工艺需要进行一些更改。制造商可以先在走线间隙上涂一些树脂，以防止过多的树脂填充或产生空隙的风险。这也是在一层上制造多个厚度的铜图案的关键。